Program Doktor Muda mula dilaksanakan pada tahun 1989 di Sekolah Kebangsaan Sri Biram, Pekan, Pahang. Bermula dari sini, program ini telah berkembang dari tahun ke tahun dengan bertambahnya bilangan sekolah yang melaksanakannya.

Program ini kemudiannya bertapak di negeri Kelantan apabila Sekolah Kebangsaan Tanah Merah 1 mula melaksanakannya pada tahun 1991.

Pada tahun 2000. Bahagian Pendidikan Kesihatan, Kementerian Kesihatan Malaysia telah menjadikan Program Doktor Muda ini sebagai salah satu program promosi kesihatan yang diterajui di peringkat kebangsaan. Perancangan, penyelarasan dan pelaksanaan program ini ke seluruh negara dilaksanakan secara bersama dengan Bahagian Kokurikulum & Kesenian, Kementerian Pelajaran Malaysia.

Pada Mei 2006, Kementerian Pelajaran Malaysia telah menjadikan program Doktor Muda sebagai salah satu aktiviti kokurikulum di sekolah rendah dan dikenali sebagai Kelab Doktor Muda.